Il prend pour compagne Emilie Flöge qui tient une maison de couture, et se rapproche en ces débuts des années 1890 des écrivains Arthur Schniltzer, Hofmaansthal et Hermann Bahr tout en s'interessant au symbolisme et à l'impressionnisme français. En 1895, lors d'une exposition à Vienne, il découvre les oeuvres de Liebermann, de Félicien Rops, mais aussi de Klinger, Böcklin et Rodin.

Avec certains de ses amis dont Moser, Joseph M.Olbrich et Carl Moll, il crée en 1897 un journal intitulé "Ver Sacrum" (Printemps Sacré), avec l'ambition de créer un édifice consacré aux arts. Il participe la même année à la fondation de l'Union des Artistes Figuratifs, appelée aussi la " Sécession", avec dix neufs autres artistes de la Küntlerhaus de Vienne. Il  devient le président de cette association, dont l'objectif est de réformer la vie artistique de l'époque et de réaliser des oeuvres d'art qui élèvent  " l'art autrichien à une reconnaissance internationale à laquelle il aspire". Il s'agit aussi pour ces artistes de combler  le fossé existant entre l'art et les arts dits mineurs, de rapprocher les objets utilitaires et les objets d'arts, de transformer le monde au moyen des arts. Les arts doivent éveiller les consciences et s'éloigner de toute compromission avec l'art et l'académisme établis.  
Cette fondation est en quelque sorte la réponse au mouvement "Art Nouveau " en France et au "Jugendstil" qui se développe en Allemagne. Le magazine "Ver Sacrum" devient le moyen d'expression de la "Sécession", et le porte parole de cette volonté de changer le monde, tandis que Joseph M. Olbrich parvient à réaliser cet édifice dédié aux arts et souhaité par Klimt, pour donner aux jeunes artistes figuratifs un lieu permanent d'exposition pour leurs oeuvres.
Il peint en 1898 le célèbre tableau "Pallas Athénée" qui marque en quelquesorte cette émancipation de Gustav Klimt par rapport à l'art officiel.
Sous un mode ironique, il détourne la représentation traditionnelle du sujet en montrant sous le visage de la déesse aux traits d'une femme fatale, une gorgone qui tire la langue.Cette toile fût l'objet de l'affiche de la première exposition de la "Sécession" en 1898.

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